Nossa Senhora da Pena aqui está desde 8 de setembro de 1661, quando um escravo perdeu uma vaca de seu senhor e pelo mesmo fôra ameaçado de uma surra se não a encontrasse. Na sua aflição pediu proteção à Virgem. Qual não foi sua surpresa ao olhar esta colina, viu Nossa Senhora apontando aonde se encontrava a rês. Milagre, também presenciado pelo fazendeiro que em reconhecimento mandou construir aqui uma ermida e alforriou o escravo, que foi o primeiro registro de alforria no Brasil-colônia. Em 1664 o padre Manuel de Araujo, levantou esta igreja - "edificação afortalezada, de paredes espessas de madeira de lei, contra o abuso no trovejamento e ante a ameaça de pirataria e temendo as flechas dos índios. "Casa para rezar e defender cristãos".
A cada milagre de Nossa Senhora, a cada graça atendida, fica na parede uma lembrança. E aqui estão a mortalha de um que voltou à vida; as muletas de outro antes aleijado; pernas, barrigas, braços, cabeças de cêra de gente que foi doente e depois ficou curada. E tranças de cabelos, fotografias, cartas, um sapatinho de criança e tudo quanto as pessoas pediram à Virgem e foram atendidas. Em um nincho há o crânio de José Rodrigues de Aragão, pessoa piedosa que tendo conseguido uma graça, fez doação à igreja de uma grande área de terreno em torno da eremita, no ano de 1771.
Nossa Senhora da Pena além de tantos milagres comprovadamente atestados, fez outro de grande repercussão - quando a Igreja andava em obras, em 1770, a água era trazida para cima com muito sacrificio. Um escravo velho, cansado pediu à ajuda de Nossa Senhora da Pena, e correu água da pedra; água que está correndo até hoje, à qual o povo denominou "Fonte de Agua Milagrosa".